Struktur Organisasi Dinas Pangan, Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Kalimantan Timur diatur dalam Peraturan Gubernur Provinsi Kalimantan Timur Nomor 43 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Uraian Tugas, dan Tata Kerja Perangkat Daerah, Lampiran XI. (Unduh)

Dinas Pangan, Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Kalimantan Timur dipimpin oleh 1 (satu) Pejabat Eselon II yaitu Fahmi Himawan, S.T., M.T. yang dilantik sebagai Kepala Dinas pada tanggal 22 Desember 2025, dan membawahi 9 (sembilan) unit kerja yang terbagi menjadi 1 (satu) Sekretariat, 4 (empat) Bidang, dan 4 (empat) Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD) yang dipimpin oleh Eselon III:

1. Sekretariat dipimpin oleh Ir. Hj. Rini Susilawati, M.Si. sebagai Sekretaris;
2. Bidang Ketersediaan dan Distribusi Pangan dipimpin oleh Amaylia Dina Widyastuti, S.IP., M.Si. sebagai Kepala Bidang;
3. Bidang Konsumsi dan Keamanan Pangan dipimpin oleh Rika Nuzli Furkanti, S.P., M.P. sebagai Kepala Bidang;
4. Bidang Produksi Tanaman Pangan dipimpin oleh Diah Adiaty Yahya, M.MT. sebagai Kepala Bidang;
5. Bidang Produksi Hortikultura dipimpin oleh Kosasih, S.P., M.P. sebagai Kepala Bidang;
6. UPTD Penyuluhan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Pertanian dipimpin oleh Samsidiharto, S.Hut., M.Si. sebagai Pelaksana Tugas (Plt.) Kepala UPTD;
7. UPTD Proteksi Tanaman Pangan dan Hortikultura dipimpin oleh Rahmat Sutarto, S.P., M.P. sebagai Kepala UPTD;
8. UPTD Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura dipimpin oleh Samsidiharto, S.Hut., M.Si. sebagai Kepala UPTD; dan
9. UPTD Balai Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura dipimpin oleh Devis Hendra, S.P., M.P. sebagai Kepala UPTD.